Le travail présenté porte sur l’analyse d’une activité de conception expérimentale réalisée par des élèves de 1ère S à l’aide de l’éditeur de protocoles COPEX, intégré à la plateforme informatique LabBook. Afin de rendre compte des connaissances mobilisées par les élèves, nous avons modélisé cette activité selon la théorie des situations didactiques (Brousseau, 1986). L’activité proposée aux élèves est ancrée dans la thématique de la génétique et plus précisément dans l’expression du patrimoine génétique, domaine pour lequel de nombreuses difficultés chez les élèves ont été répertoriées dans la littérature. L’analyse des rapports expérimentaux réalisés par les élèves révèle que ceux-ci parviennent à formuler des hypothèses en mobilisant des connaissances qui rendent compte du lien existant entre gènes et protéines. Dans notre cas, très peu d’élèves s’appuient sur une conception erronée de ce lien, ce qui n’était pas le cas des exemples décrits dans d’autres études. Par ailleurs, ce travail a permis de mettre en valeur l’importance du rôle du protocole expérimental pour la mobilisation des connaissances. L’élaboration des protocoles a priori ainsi que leur exécution aide les élèves à se représenter les concepts en jeu, ce qui se traduit par la modification de leur système de connaissances.