Cet article s’inscrit dans un travail de modélisation des connaissances pour effectuer un diagnostic automatique des erreurs dans une situation expérimentale en biologie, et plus précisément sur la mise en évidence de la fermentation alcoolique chez les levures. Le cadre théorique utilisé est celui de la Théorie Anthropologique du Didactique et plus spécifiquement dans l’approche praxéologique. Nous proposons un modèle de pré-structuration de protocole afin qu’il puisse être implémenté dans une plate-forme informatique de conception de protocoles expérimentaux, LabBook. La pré-structuration s’appuie sur une analyse épistémologique des connaissances et des difficultés relatives aux concepts liés à la fermentation alcoolique. Notre modélisation sera par la suite testée en classe de terminale scientifique de spécialité, afin d’anticiper un diagnostic des erreurs, qui sera réalisé dans un deuxième temps.