Mes activités de recherche se focalisent sur l’étude structurale de la fonction des protéines tant au point de vue expérimental que théorique et plus particulièrement l’aspect de la reconnaissance intermoléculaire. Notre système de référence est celui de la reconnaissance antigène-anticorps. Ce système est le prototype parfait, de part sa fonction, mais également grâce à la dynamique de ce processus lié au concept de maturation. Au cours de ma thèse de doctorat, nous avons mesuré les constantes d’affinité, à l’équilibre et en cinétique, entre des anticorps monoclonaux et un antigène multivalent (virus de la mosaïque du tabac, VMT). De manière inattendue, nos résultats ont démontré une coopérativité négative dans la liaison d’anticorps au VMT. A partir de mon premier stage postdoctoral et jusqu’à aujourd’hui, ma recherche s’est orientée vers l’aspect structural de la reconnaissance ; incluant le développement de fonctions énergétiques et de techniques d’analyse des structures tridimensionnelles, la construction de modèles moléculaires et l’assemblage de ligand dans leur recepteur. Ce mémoire résume mes cinq dernières années d’activités scientifiques dans le domaine de la modélisation moléculaire, bien que la parution de publications ne reflète guère ce laps de temps. La modélisation moléculaire est une discipline récente qui nécessite, à mon sens, une introduction formelle. Dans ce mémoire on définit la modélisation moléculaire comme l’ensemble des techniques qui permettent d’étudier la fonction d’une molécule grâce à la connaissance de sa structure tridimensionnelle. Ces techniques incluent la modélisation par homologie, les méthodes de simulations, les méthodes d’assemblage (docking), les méthodes d’étude du repliement ab-initio des protéines. Les approches spectroscopiques comme la résonance magnétique nucléaire (RMN) ou le dichroisme circulaire et la microscopie électronique (ME) sont également inclues. Au sens littéral notre définition intègre également la diffraction des rayons X (RX). L’objectif de ce mémoire est de décrire en détail une de ces techniques : la modélisation par homologie. Ce mémoire focalise principalement sur les protéines bien que la modélisation moléculaire s’applique aussi bien aux acides nucléiques, aux sucres ou aux lipides. En dépit de la jeunesse de cette discipline, il est pratiquement impossible de la couvrir en son intégralité. Malgré une recherche bibliographique approfondie, elle est certainement incomplète due à l’interdisciplinarité de cette technique qui couvre tous les champs de recherches, de la théorie fondamentale à la médecine. Ce mémoire espère présenter l’impact de la modélisation par homologie dans la biologie moderne de la manière la plus juste. Ce mémoire comprend quatre parties. Après une introduction générale, on présentera en détail les diverses approches employées pour la modélisation par homologie. Les contributions personnelles à cette discipline seront enfin exposées. La perspective d’évolution de la modélisation moléculaire sera finalement brièvement discutée.