Cet article s’intéresse aux questions de méthodologie en sociologie, et revient plus précisément sur la pratique de l’entretien de recherche dans le cadre de l’étude d’une institution sociale spécifique : l’armée. L’analyse du milieu de la défense, traditionnellement caractérisé par le rôle majeur du secret, implique dès lors une instrumentation réflexive de la méthodologie qualitative. Si cette méthode offre un moyen riche et unique d’accéder aux données et aux acteurs du milieu militaire, elle nécessite toutefois d’analyser cet outil méthodologique à la lumière des particularités de l’institution militaire (hiérarchie, secret, langage socialement codifié). L’enjeu de cet article est donc est dans un premier temps d’analyser le choix de cette méthodologie en terrain militaire, en prenant en compte une dimension particulière : la dimension comparative. Puis dans un second temps, nous nous proposons d’expliciter l’instrumentation spécifique de l’entretien qualitatif auprès des acteurs militaires, ainsi que d’analyser les défis que soulève la méthodologie qualitative dans une telle enquête, en nous appuyant sur une démarche réflexive.